1、内涵不同

耕地：根据《土地利用现状分类》（GB/T 21010-2017）规定，耕地是指种植农作物的土地，包括熟地，新开发、复垦、整理地，休闲地（含轮歇地、休耕地）；以种植农作物（含蔬菜）为主，间有零星果树、桑树或其他树木的土地；平均每年能保证收获一季的已垦滩地和海涂。

永久基本农田：2020年起实施的新《中华人民共和国土地管理法》中，基本农田加上“永久”二字。

2、农转用审批流程不同

建设占用永久基本农田报国务院批准；建设占用耕地超过35公顷报国务院批准。

3、非法占用刑法处罚面积不同

依据我国《刑法》和相关司法解释，非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

因此：耕地不一定是基本农田；基本农田保护区经依法划定后，对基本农田实行特殊保护，任何单位作和个人不得改变或者占用。